Moléculaire

Test LymphoTrack IGH

Ce test à usage de recherche uniquement (RUO) identifie les réarrangements clonaux IGH V-J, les séquences d’ADN de la région V-J associées, et fournit la distribution de fréquence de l’utilisation des segments de la région V et de la région J et le degré d’hypermutation somatique des gènes réarrangés pour les plateformes d’Illumina MiSeq® ou Thermo Fisher / Life Technologies Ion PGM®.

Le test LymphoTrack® IGH FR1 représente une amélioration significative par rapport aux tests de clonalité existants car il détecte efficacement la majorité des réarrangements de gènes IGH à l’aide d’un seul mélange  multiplex qui identifie la séquence d’ADN spécifique à chaque réarrangement de gène clonal tout en  déterminant le degré d’hypermutation somatique de gènes réarrangés.

Le test LymphoTrack® IGH FR1 offre trois utilisations importantes et complémentaires :
– Détecte les populations clonales initiales
– Identifie les informations de séquence nécessaires pour suivre les réarrangements clonaux dans les échantillons
– Fournit des informations de séquence détaillées sur le degré d’hypermutation somatique (SHM) du gène de la chaîne lourde variable de l’immunoglobuline (IGHV)

Les amorces incluses dans le master mix sont conçues avec des adaptateurs et des indices Illumina® (8-24) ou des adaptateurs et des indices Thermo Fisher / Life Technologies® (12). Cela permet une réaction PCR en une étape et le regroupement des amplicons de plusieurs échantillons différents pour le chargement sur la cellule à circulation Illumina MiSeq® ou les puces Ion PGM®.

Les tests LymphoTrack représentent une amélioration significative par rapport aux tests de clonalité existants utilisant l’analyse de fragments car ils détectent efficacement la majorité des réarrangements de gènes IGH et TRG en utilisant un seul mélange maître multiplex pour chaque locus. En même temps, le test identifie la séquence d’ADN spécifique à chaque réarrangement de gène clonal.

Le logiciel bioinformatique LymphoTrack® permet une analyse et une visualisation simplifiées des données générées par ce test.

Des contrôles d’ADN polyclonaux positifs et négatifs sont inclus dans le kit.
– Test LymphoTrack IGH – MiSeq
– Test LymphoTrack IGH – PGM

Hypermutation somatique LymphoTrack IGH

Ce test à usage de recherche uniquement (RUO) identifie les réarrangements clonaux IGH V-J, les séquences d’ADN de la région V-J associées, fournit la distribution de fréquence de l’utilisation des segments de la région V et de la région J à l’aide des plates-formes Illumina MiSeq® ou Thermo Fisher / Life Technologies Ion PGM® et définit l’étendue de l’hypermutation somatique présente dans le gène IGHV des échantillons analysés.

Le test d’hypermutation somatique LymphoTrack® IGH pour le séquençage de nouvelle génération représente une amélioration significative par rapport aux tests de clonalité utilisant l’analyse de fragments, car il détecte efficacement la majorité des réarrangements de gènes IGH à l’aide d’un seul mélange maître multiplex et identifie la séquence d’ADN spécifique à chaque réarrangement clonal des gènes. Par conséquent, ce produit facilite la détection des populations clonales initiales, identifie les informations de séquence nécessaires pour suivre ces clones dans les échantillons suivants et détermine le statut d’hypermutation somatique (SHM) des échantillons.

Le mélange maître inclus dans la version MiSeq® de ce test cible les régions des gènes leader (VHL) et de jonction (J) de l’IGH et est conçu avec des adaptateurs et des indices Illumina® (8 inclus dans les kits A, B ou C et 24 inclus dans le panneau). La version PGM® du test SHM comprend des amorces sens qui ciblent la région de charpente conservée 1 (FR1) et la région J de l’IGH et sont conçues avec PGM®. Indices IonExpress (12). L’inclusion d’adaptateurs et d’indices dans la conception de l’amorce permet une PCR en une étape suivie d’un regroupement direct des amplicons de plusieurs échantillons différents pour le séquençage sur une Flow Cell Illumina MiSeq® ou une puce Ion PGM®.

Le logiciel LymphoTrack® Bioinformatics inclus permet une analyse et une visualisation simplifiées des données générées à partir de ce test.

Les contrôles positifs, négatifs et SHM sont inclus dans le kit.
– Test d’hypermutation somatique LymphoTrack IGH – MiSeq
– Test d’hypermutation somatique LymphoTrack IGH – PGM

Test LymphoTrack IGK

Ce test à usage de recherche uniquement (RUO) identifie les réarrangements clonaux IGK Vк-Jк, Vк-Kde et intron-Kde (INTR – Kde), les séquences d’ADN de ces réarrangements et fournit la fréquence de distribution de Vк et Jк, Vк-Kde , et l’utilisation du segment INTR – Kde à l’aide des plateformes Illumina MiSeq® ou Thermo Fisher / Life Technologies Ion PGM®.

Ce test utilise un seul mélange maître multiplex pour cibler les régions V et J conservées de l’IGK qui sont décrites dans les tumeurs malignes lymphoïdes. Les amorces sont conçues avec des adaptateurs Illumina® ou des adaptateurs Thermo Fisher / Life Technologies® et jusqu’à 24 indices différents ; permettant ainsi aux amplicons générés à partir de différents mélanges maîtres IGK d’être regroupés pour générer une bibliothèque à charger sur une seule Flow Cell MiSeq® ou une seule puce Ion PGM® pour le séquençage. Le logiciel LymphoTrack® associé fournit une interprétation des données via une méthode simple et rationalisée d’analyse et de visualisation des données. En suivant les directives fournies dans les instructions d’utilisation, les échantillons peuvent être facilement interprétés pour la preuve ou l’absence de preuve de clonalité.
– Test LymphoTrack IGK – MiSeq
– Test LymphoTrack IGK – PGM

Test LymphoTrack TRG

Ce test de recherche à usage exclusif identifie les réarrangements clonaux TRG V-J, les séquences d’ADN de la région V-J associées et fournit la distribution de fréquence de l’utilisation de la région V et du segment de la région J à l’aide d’Illumina MiSeq® ou de Thermo Fisher / Life Technologies Ion PGM®. Ce test LymphoTrack® TRG représente une amélioration significative par rapport aux tests de clonalité existants car il détecte efficacement la grande majorité des réarrangements de gènes TRG à l’aide d’un seul mélange maître multiplex et, en même temps, le test identifie la séquence d’ADN spécifique à chaque réarrangement de gène clonal.

Par conséquent, ce produit a deux utilisations importantes et complémentaires : il aide à la fois à détecter les populations clonales initiales et identifie les informations de séquence nécessaires pour suivre ces clones dans les échantillons suivants. Notre mélange maître multiplex unique cible toutes les régions conservées dans les gènes de la région variable (V) et de la région de jonction (J) décrits dans les tumeurs malignes lymphoïdes. Ceci est essentiel pour une analyse complète des échantillons, car certains troubles lymphoprolifératifs à cellules T impliquent des segments V et J qui ne seraient pas identifiés avec les tests existants ou les ensembles d’amorces Vγ et Jγ. La taille moyenne des amplicons PCR de réarrangement du gène TRG générés à l’aide de ce test a été conçue pour être compatible avec le test d’ADN fragmenté isolé à partir d’échantillons plus difficiles (par exemple, les sections FFPE). Des contrôles ADN positifs et négatifs sont inclus dans le kit.

Pour plus d’informations, veuillez visiter lesite Web du SVI.